根據(jù)《工傷保險條例》第三十六條 職工因工致殘被鑒定為五級、六級傷殘的，享受以下待遇：

(一)從工傷保險基金按傷殘等級支付一次性傷殘補助金，標準為：五級傷殘為18個月的本人工資，六級傷殘為16個月的本人工資;

(二) 保留與用人單位的勞動關(guān)系，由用人單位安排適當工作。難以安排工作的，由用人單位按月發(fā)給傷殘津貼，標準為：五級傷殘為本人工資的70%，六級傷殘為本人工資的60%，并由用人單位按照規(guī)定為其繳納應(yīng)繳納的各項社會保險費。傷殘津貼實際金額低于當?shù)刈畹凸べY標準的，由用人單位補足差額。

經(jīng)工傷職工本人提出，該職工可以與用人單位解除或者終止勞動關(guān)系，由工傷保險基金支付一次性工傷醫(yī)療補助金，支付一次性傷殘就業(yè)補助金則由用人單位。由省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定一次性工傷醫(yī)療補助金和一次性傷殘就業(yè)補助金的具體標準。

第三十七條 職工因工致殘被鑒定為七級至十級傷殘的，享受以下待遇：

(一)從工傷保險基金按傷殘等級支付一次性傷殘補助金，標準為：七級傷殘為13個月的本人工資，八級傷殘為11個月的本人工資，九級傷殘為9個月的本人工資，十級傷殘為7個月的本人工資;

(二)勞動、聘用合同期滿終止，或者職工本人提出解除勞動、聘用合同的，由工傷保險基金支付一次性工傷醫(yī)療補助金，由用人單位支付一次性傷殘就業(yè)補助金。一次性工傷醫(yī)療補助金和一次性傷殘就業(yè)補助金的具體標準由省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定。

綜上所述，員工在因公受傷期間公司不會扣除員工的工資，以前是多少的工資在工傷休職期間依舊是多少的工資，并且根據(jù)工傷條例，員工在受傷期間不僅不會扣除工資還應(yīng)當獲得相應(yīng)的補償，如果公司拒絕補償該員工可以向有關(guān)部門提出勞動仲裁的申請。